Awal tindakan kesehatan di pelabuhan, dimulai pada tahun 1348 di Venesia yakni adanya tindakan karantina pertama terhadap kapal yang dicurigai terjangkit penyakit PES. Selanjutnya, diperkirakan pada tahun 1911 Pes masuk melalui Pelabuhan Tanjung Perak - Surabaya, tahun 1916 Pes masuk melalui Pelabuhan Semarang, tahun 1923 Pes masuk melalui Pelabuhan Cirebon. Oleh karena itu, pemerintah Belanda mengintensifkan penanganan upaya kesehatan di wilayah pelabuhan. Pada saat itu, penanganan upaya kesehatan di pelabuhan dilakukan oleh oleh HAVEN ARTS (Dokter Pelabuhan) dibawah koordinasi HAVEN MASTER (Syahbandar), dan pada saat itu dibentuk 2 Haven Arts yakni di Pulau Rubiah - Sabang dan Pulau Onrust di Teluk Jakarta. Setelah Indonesia merdeka (tahun 1949/1950), pemerintah RI membentuk 5 Pelabuhan Karantina, yaitu :
Pelabuhan Karantina Kelas I : Tanjung Priok dan Sabang
Pelabuhan Karantina Kelas II : Surabaya dan Semarang
Pelabuhan Karantina Kelas III : Cilacap
Selang 20 tahun kemudian yakni pada tahun 1970, terbit SK Menkes nomor : 1025/DD /Menkes, tentang pembentukan Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut (DKPL) dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara (DKPU). Dinas Kesehatan Pelabuhan Laut sebanyak 60 DKPL dan Dinas Kesehatan Pelabuhan Udara sebanyak 12 DKPU, semuanya non eselon.
Selang 8 tahun kemudian yakni pada tahun 1978, terbit SK Menkes Nomor : 147/Menkes/IV/78 DKPL/DKPU dilebur menjadi Kantor Kesehatan Pelabuhan, dengan eselon IIIB, yakni 10 KKP Kelas A dan 34 KKP Kelas B. Perubahan kembali terjadi yakni pada tahun 1985, terbitnya SK Menkes 630/Menkes/SK/XII/85, menggantikan SK No.147, jumlah KKP berubah menjadi 46 oleh penambahan KKP kelas B (KKP Dili dan KKP Bengkulu).
Pada tahun 2004 berubah oleh terbitnya SK Menkes nomor : 265/Menkes/SK/III tentang Organisasi & Tata Kerja KKP yang baru. KKP digolongkan kembali seperti pada tahun 1949/1950, yakni :
1. KKP Kelas I (eselon II B) : 2 KKP
2. KKP Kelas II (eselon III A) : 14 KKP
3. KKP Kelas III (eselon III B) : 29 KKP
Kemudian pada tahun 2007, kembali terbit Permenkes nomor : 167 merupakan perbaikan Kepmenkes No. 265 yakni penambahan KKP kelas` III menjadi 32 KKP sekaligus wilayah kerjanya dan pada tahun 2008 perubahan Permenkes menjadi No. 356. Yang didalam terdapat beberapa perubahan. Pada tahun 2011 terjadi lagi perubahan Permenkes menjadi No. 2348 dengan penambahan satu kelas KKP Kelas IV, yaitu Yogyakarta sehinga yang semuanya menjadi 4 Kelas, yaitu :
Kelas I, 7 Kantor Kesehatan Pelabuhan, yaitu :
Kantor Kesehatan PelabuhanTanjung Priok
Kantor Kesehatan Pelabuhan Denpasar
Kantor Kesehatan Pelabuhan Surabaya
Kantor Kesehatan Pelabuhan Soekarno Hatta Kantor Kesehatan Pelabuhan Medan
Kantor Kesehatan Pelabuhan Makasar dan
Kantor Kesehatan Pelabuhan Batam
Kelas II, 21 Kantor Kesehatan Pelabuhan, yaitu :
Kantor Kesehatan Pelabuhan Tanjung Pinang
Kantor Kesehatan Pelabuhan Banjarmasin
Kantor Kesehatan Pelabuhan Kendari
Kantor Kesehatan Pelabuhan Tarakan
Kantor Kesehatan Pelabuhan Mataram
Kantor Kesehatan Pelabuhan Padang
Kantor Kesehatan Pelabuhan Semarang
Kantor Kesehatan Pelabuhan Palembang
Kantor Kesehatan Pelabuhan Probolinggo
Kantor Kesehatan Pelabuhan Ambon
Kantor Kesehatan Pelabuhan Pekanbaru
Kantor Kesehatan Pelabuhan Balikpapan
Kantor Kesehatan Pelabuhan Manado
Kantor Kesehatan Pelabuhan Bandung
Kantor Kesehatan Pelabuhan Banten
Kantor Kesehatan Pelabuhan Pontianak
Kantor Kesehatan Pelabuhan Samarinda
Kantor Kesehatan Pelabuhan Cilacap
Kantor Kesehatan Pelabuhan Panjang
Kantor Kesehatan Pelabuhan Jayapura
Kantor Kesehatan Pelabuhan Tanjung Balai Karimun
Kelas III, 20 Kantor Kesehatan Pelabuhan, yaitu :
Kantor Kesehatan Pelabuhan Pangkal Pinang
Kantor Kesehatan Pelabuhan Bitung
Kantor Kesehatan Pelabuhan Tembilahan
Kantor Kesehatan Pelabuhan Jambi
Kantor Kesehatan Pelabuhan Dumai
Kantor Kesehatan Pelabuhan Palu
Kantor Kesehatan Pelabuhan Kupang
Kantor Kesehatan Pelabuhan Biak
Kantor Kesehatan Pelabuhan Sorong
Kantor Kesehatan Pelabuhan Manokwari
Kantor Kesehatan Pelabuhan Sampit
Kantor Kesehatan Pelabuhan Banda Aceh
Kantor Kesehatan Pelabuhan Merauke
Kantor Kesehatan Pelabuhan Lhoksemawe
Kantor Kesehatan Pelabuhan Bengkulu
Kantor Kesehatan Pelabuhan Poso
Kantor Kesehatan Pelabuhan Palangkaraya
Kantor Kesehatan Pelabuhan Gorontalo
Kantor Kesehatan Pelabuhan Ternate
Kantor Kesehatan Pelabuhan Sabang
Kelas IV, 1 Kantor Kesehatan Pelabuhan , yaitu :
Kantor Kesehatan Pelabuhan Yogyakarta
